De Autoriteit Financiële Markten bestaat sinds 1 maart 2002. Voor die tijd was er de Stichting Toezicht Effectenverkeer (STE).
De AFM is een ‘ZBO’, een zelfstandig bestuursorgaan. Dat betekent dat de AFM een zelfstandige organisatie is, maar dat de minister van Financiën bepaalt wat de AFM wel en niet mag doen. De minister van Financiën is politiek verantwoordelijk.
Het kantoor van de AFM staat in Amsterdam, het centrum van de financiële wereld in Nederland. Op het kantoor werken bijna 500 mensen. De AFM staat onder leiding van een bestuur. De voorzitter van het bestuur is dr. R. Gerritse. Er is een Raad van Toezicht die het bestuur controleert.